Общепринятой датировкой постройки Верхней церкви в настоящее время считается конец XIII - начало XIV вв. В 1939 г. остатки этой постройки были перенесены в отдельный павильон, а развалины Нижней церкви были хорошо изучены.  Нижняя церковь представляла собой небольшой шестистолпный храм с тремя апсидами и одной главой. Стены храма выложены из плитнякового кирпича (плинфы). Горизонтальные швы - 2,5-4 сантиметра. Некоторые кирпичи имеют выпуклые клейма. Видно, что каждый кирпичик делался для своего места. Стены изнутри не оштукатурены, в них вмурованы глиняные кувшины-голосники, точно такие как в Коложской церкви. Они облегчали конструкцию и благодаря которым внутреннее пространство церкви имело хорошую акустику. В юго-западном углу храма сохранились остатки врезанной в стены круглой винтовой лестницы, ведшей на хоры над западным нефом. Храм имел три входа в виде простых арочных порталов с юга, запада и севера. Возможно, южный вход в храм был главным, парадным.

Особенностью архитектуры Нижней церкви было декоративное убранство фасадов, украшенных из больших естественных камней-валунов, некоторые из которых имеют фаски. Гранитный валун раскалывался на две части и вкладывался в стену плоской стороной наружу, которая в отдельных случаях полировалась. Так древние дойлиды экономили на строительном материале, а заодно и украшалифасады церкви. Некоторые камни настолько гладкие, что невозможно представить, как 8 веков назад их полировали. Цвет камня самый различный - от розового до красного, от серого до черного. Его применение в кладке с использованием различных способов обработки поверхности придавало фасадам живописность. Помимо шлифованных гранитных камней, стены церкви были украшены вставками и керамическими, покрытыми глазурью плитами красного и зеленого цвета различной формы.

На полу у входов лежали гладкие полированные камни. Под хорами в западной части пол был выстлан простой плинфой. Основное пространство храма имело майоликовые полы. В алтарной части пол представлял собой обычный набор из квадратных майоликовых плиток, уложенных рядами так, что плитки одного тона, желтые, зеленые или коричневые, шли по диагонали. В дьяконике узор был обогащен двумя пересекающимися полосами из желтых и коричневых плиток в виде ласточкина хвоста, в алтарной апсиде предположительно были вставки в виде фигур крестов. Боковые нефы имели простой настил из квадратных плиток. По контрасту с ними в подкупольном пространстве сохранился фрагмент великолепного узорчатого майоликового пола: в обрамлении пересекающихся широких лент желто-зеленой плетенки в квадраты вписаны желтые круги с орнаментальными крестами.

Кровля и купола были покрыты листами тонкого раскатанного свинца. Деревянный иконостас был украшен многочисленными медными пластинами. Найденные внутри захоронения позволяют говорить, что храм служил княжеской усыпальницей даже после своего разрушения.

В настоящее время руины Нижней церкви экспонируются «Гродненском государственном историко-археологическом музее».