В 1726 году по проекту архитектора Иосифа Фонтаны была построена каменная церковь Рождества Богородицы (1726), а в 1726–1751 годах по его же проекту – монастырский корпус. На строительство храма присылали свои пожертвования униатские митрополиты Афанасий Шептицкий и Флориан Гребницкий. Во время пожара в конце мая 1753 года храм и монастырский корпус пострадали, в спецификации к плану Гродно 1753 года под литерой «С» написано следующее: «девич.[ий] базилианский монастырь, то есть церковь и крыша монастыря и деревянные здания и колокольня повреждены огнем также канцелярия внутри, кроме того еще более ничего, сверх этого хозяйственные постройки и юрисдика полностью в пепел превратились».Монастырь был довольно быстро восстановлен, так как духовенство Гродненского деканата было обложено специальным налогом на его восстановление. В 1756 году была вновь освящена настоятелем Коложского монастыря Самуилом Яновским восстановленная церковь. Из-за пожара не был реализован замысел архитектора замкнуть келейный корпус вокруг храма в форме буквы «П».12 февраля 1839 года в Полоцке был подписан акт о воссоединении униатов с Православной Церковью, а 25 марта его утвердил император. Только в 1843 году монастырь был преобразован в женский православный монастырь Рождества Богородицы. Две монахини-базилианки были переведены в Вольнянский монастырь, так как они почти не говорили по-русски и не знали церковнославянского языка. В этом же году Могилевский епископ Исидор перевел в гродненский женский православный монастырь Рождества Богородицы в качестве игумении сестру Афанасию и вместе с ней шесть монахинь и 4 послушницы из монастыря в Орше.К 1848 году интерьеры церкви были отремонтированы по православным канонам на пожертвования прихожан. В 1858 году губернским архитектором Яковом Фордоном был утвержден проект теплой (зимней) церкви при монастыре. Строительство здания было закончено летом 1866 года и 4 октября того же года её освятил в честь св. Сергия Радонежского епископ Брестский Игнатий.В 1891 году в западной части участка монастыря был построен двухэтажный каменный хозяйственный корпус, что позволило перевести опасное свечное производство из деревянной постройки.8 сентября 1901 года большая часть монахинь и послушниц во главе с игуменьей переехала в Красностоцкий монастырь, а гродненский монастырь стал приписным.Во время эвакуации в 1915 году Красностоцкого женского монастыря имущество гродненского филиала монастыря Рождества Богородицы вывезено не было. В здании оставалось несколько сестер, которые оказывали помощь раненым и занимались благотворительностью. Во время военных действий храм был поврежден, монастырский корпус и хозяйственные постройки пострадали меньше. Значительная часть внутреннего убранства храма сгорела или была повреждена. Но уже через несколько месяцев в кое-как отремонтированном храме проходили богослужения.В тяжелый период немецкой оккупации 1915–1918 годов, послереволюционной неразберихи, общего обнищания и инфляции 20-х годов XX века монастырь продолжал функционировать.Польские власти города Гродно и Белостоцкого воеводства в 20–30-е годы XX века предпринимали попытки определиться с правом собственности на здания монастырского комплекса. Но в связи с фактической неудачей с организацией нового базилианского ордена эти попытки ни к чему не привели. Исследователь архитектуры М. Глинка интересовался зданием как памятником архитектуры. Он предпринял ряд шагов для улучшения его состояния: произвел фотофиксацию и обмеры, помог в составлении проекта ремонта и в 1927 году стараниями настоятельницы Онуфрии храм был восстановлен и в нем нашла место чудотворная Владимирско-Мироточивая икона. Нет сведений о проведенном в 1930-е годы ремонте гродненского женского монастыря Рождества Богородицы. Неизвестно, кто был автором проекта восстановления монастырского комплекса. Не удалось установить на какие деньги восстанавливался храм и монастырские корпуса.Во время второй мировой войны монастырь Рождества Богородицы под руководством настоятельницы Серафимы продолжал действовать со значительными ограничениями. Во время освобождения Гродно в 1944 году здания и имущество практически не пострадали.В советское время монастырь под руководством настоятельницы игуменьи Софии действовал до 1960 года, когда был закрыт, а монахини были переведены в Жировичскую обитель.Одноэтажный каменный дом с мансардой для настоятельницы закончили строить перед самым закрытием – в 1958 году. В здании разместились различные организации, например, ДОСААФ. В нем чинили спортивные мотоциклы, в монастырском дворе выгуливали собак члены клуба служебного собаководства.В 1977 году здания монастыря передали Республиканскому музею атеизма и истории религии.Реставрация монастырского комплекса началась в 1979 году по проекту и под научным руководством минского архитектора Г. Жаровиной. Были отреставрированы здание церкви Рождества Богородицы, келейного корпуса, хозяйственного корпуса. В целях приспособления для размещения музея к южному фасаду храма был пристроен двухэтажный корпус с конференц-залом.В июне 1992 года здания комплекса были возвращены православной церкви, и в нем вновь разместился женский православный монастырь Рождества Богородицы.
